Junto al emplazamiento de los jardines ubicados en la ladera de la montaña se encuentran, también, las llamadas partidas reservadas.
La Ermita de San Ildefonso se construyó en 1450 por orden del rey D. Enrique IV pero su deterioro hizo que cerrase al culto y la convirtió en 1723 en depósito de trigo y harina. Posteriormente fue restaurada quedando bastante diferente de lo que era en su principio.
Anexo a la ermita se encuentra los Jardines de la Partida Reservada de la Reina destinados al cultivo de plantas, flores y frutas. Deben su nombre a la predilección especial que tenía por estos jardines la reina Isabel de Farnesio.
La profundidad gradual del estanque del Mar y sus aguas puras y de temperatura poco elevada hacen de este estanque un soberbio vivero de peces sobre todo de la especie de trucha común. Por eso en 1867 y, por iniciativa del rey consorte Francisco de Asís, se fundó el establecimiento de Piscicultura a la orilla del Mar.
Ocupa un bosquete rectangular de dos hectáreas y media. Los laberintos eran una de las partes esenciales de los jardines de estilo clásico francés y los arquitectos-jardineros de la época inventaban combinaciones cada vez más intrincadas y difíciles de acertar. La idea de este laberinto se debe al célebre Le Blond.
La Casa de las Flores es un edificio anexo al Palacio Real de la Granja situado en la linde norte del perímetro de este Real Sitio. Hace parte de la partida reservada del Rey, o zona del Jardín a resguardo de las visitas de los visitantes.
Ubicada al final del jardín de la potager “Potosí” era el invernáculo construido para plantas delicadas y frutos de calidad. Al Potosí se accede por una verja de hierro muy labrada que tiene en su coronamiento las armas de España y de Borbón. Su trazado corresponde a un parterre regular, formado por figuras curvas y en el centro se ubica una pequeña fuente que representa a Venus rodeada de conchas.
